Im Rahmen der Baugesuchsbeurteilung für den Neubau des Bahnhofs wurde die EKD und ENHK eingeladen, ihre Beurteilung aus dem Jahr 2001 zu aktualisieren und insbesondere auch die Schutzziele des ISOS-Inventars (Bundesinventar der schützenswerten Ortsbilder der Schweiz von nationaler Bedeutung) in die Beurteilung miteinzubeziehen. Nach einem Augenschein der beiden Kommissionen vor Ort haben sie ein gemeinsames Gutachten verfasst, das den künstlerischen und historischen Wert des Bahnhofs bestätigt und die Schutzziele unterstreicht.
Der Gemeinderat hat den durch die EKD/ ENHK bestätigten künstlerischen und historischen Wert des Bahnhofs ausführlich gewürdigt und in einer Interessenabwägung gegen die wirtschaftlichen, verkehrstechnischen und gemeinschaftlichen Interessen abgewogen und dabei die ortsbauliche Situation des Quartiers in die Erwägung miteinbezogen. Er hat vergangene Woche auf dieser Basis entschieden, dass der Bahnhof nicht unter Einzelschutz gestellt wird. Er ist nach der Interessenabwägung der Meinung, dass die Gemeinde Trogen hier eine wirtschaftliche Entwicklung und eine Lösung der verkehrstechnischen Probleme am Bahnhof für die Zukunft braucht. Damit gelten für den Bahnhof wie auch für das umliegende Quartier die Bestimmungen zum kommunalen Ortsbildschutz im Baureglement von Trogen.
Der Bahnhof Trogen liegt in der Kernzone und wird durch die kommunale Ortsbildschutzzone überlagert. Der Einzelschutz eines Gebäudes ermöglicht die konkretere Definition von Schutzzielen auf ein spezifisches Objekt als dies die Ortsbildschutzzone vermag.
Das Baugesuch der Appenzeller Bahnen für einen Neubau des Bahnhofs ist immer noch pendent.