Für musisch interessierte Schülerinnen und Schüler bestehen ab dem neuen Schuljahr 2018/19 an der Sekundarschule bei entsprechender Eignung zusätzliche Angebote. Vorausgesetzt, es ergeben sich genügend Anmeldungen, werden Neigungsgruppen in den Bereichen «Bildnerisches Gestalten» und «Musik» gebildet. Grundsätzlich werden diese Jugendlichen mindestens eine Lektion mehr pro Woche in die Schule gehen.
Ab August besteht auch die «Begabtenförderung Musik». In Zusammenarbeit mit der Musikschule Herisau können die Jugendlichen in diesem Angebot deutlich mehr Zeit als üblich in die Musik investieren, sowohl Musiklehre intensiv betreiben als auch Instrumente auf anspruchsvollem Niveau erlernen. Um dies zu ermöglichen, wird der Stundenplan der Lernenden individuell angepasst. Im Weiteren setzt die Sekundarschule Herisau ihre jahrelange Kooperation mit der Sportschule Appenzellerland als deren Partnerschule fort: Die Schülerinnen und Schüler besuchen den regulären Unterricht, erhalten aber in Absprache mit der Sportschule Zeitfenster für Trainings und Wettkämpfe.