2004 vereinbarten die Gemeinden Heiden und Reute eine Zusammenarbeit im Bereich Schulleitung und Schulsekretariat. Die Ausübung des Schulleiteramtes der Gemeinde Reute erfolgt durch die Schulleitung von Heiden, das Schulsekretariat Reute wird durch das Schulsekretariat von Heiden geführt.
Die Schülerinnen und Schüler von Reute besuchen bis zur 6. Klasse die Schule in Reute, die Oberstufe jedoch in Oberegg. Aufgrund der engen Zusammenarbeit mit Oberegg im Schulbereich wäre eine gemeinsame Schulleitung seit jeher wünschenswert gewesen. Der Kanton Appenzell I.Rh. hat die Schulleitungen jedoch bedeutend später eingeführt als Ausserrhoden. Eine eigene Schulleitung für Reute ist aufgrund des kleinen Pensums (weniger als 30 %) nicht möglich. Reute war in dieser Situation auf einen Ausserrhoder Partner angewiesen.
Diese Situation hat sich grundlegend geändert. Innerrhoden hat ebenfalls erfolgreich Schulleitungen eingeführt, sodass der ursprüngliche Wunsch, mit Oberegg eine gemeinsame Schulleitung zu führen, wieder aktuell geworden ist.
Der Gemeinderat verspricht sich durch eine Schulleitung, welche während der ganzen obligatorischen Schulzeit für die Schülerinnen und Schüler verantwortlich ist, einen positiven Effekt. Besonders der Uebertritt in die Oberstufe kann besser begleitet werden, als dies mit zwei Schulleitungen möglich ist.
Die Koordination der Lehrenden erscheint einfacher, wenn für die Primar- und die 1. Sekundarstufe die gleiche Schulleitung zuständig ist. Ausserdem können Lerninhalte der Primarschule besser aufeinander abgestimmt werden, was wiederum den Wechsel an die Oberstufe Oberegg vereinfacht.