Auf dem mit einem Andreaskreuz und Wechselblinkanlage gesicherten Bahnübergang wurde das Gefährt vom Zug frontal erfasst. Durch die Kollision wurde der Mofalenker weggeschleudert und blieb schwer verletzt liegen. Er wurde mit der Rega in ein Zentrumsspital geflogen. Sein Bruder wurde in der geschlossenen Mofa-Anhängerkiste rund 100 Meter weit vor dem bremsenden Zug hergeschoben. Der 7-jährige Bub wurde dabei nur leicht verletzt. Die 18 Zugsinsassen konnten den Zug unverletzt verlassen und wurden mit einem Bus an ihr Reiseziel gefahren. Die Bahnstrecke zwischen Gonten und Appenzell blieb am Abend für einige Zeit geschlossen.
Im Auftrag der ebenfalls ausgerückten Staatsanwaltschaft wird der genaue Unfallhergang durch die Kantonspolizei Appenzell Innerrhoden untersucht. Im Einsatz standen auch die Stützpunktfeuerwehr Appenzell mit 7 Mann und drei Rettungsteams aus Appenzell Ausserrhoden und Appenzell Innerrhoden.