Als die Gemeinde Trogen 2003 die Schulleitung einführte, gab es noch keine verbindlichen Vorgaben, wie Schulleitungen (bestehend aus der Leitungsperson und einem Sekretariat) personell dotiert sein sollen. Dies hat sich in der Zwischenzeit geändert. Die Aufgaben einer Schulleitung sind im Volksschulgesetz geregelt. Als Folge davon hat der Regierungsrat per 1. Mai 2012 Weisungen für die Schulleitungen an den Volksschulen erlassen.
Bis jetzt war die Schulleitung mit 85 Stellen-Prozent dotiert: 50% Schulleiterin / 30% Schulsekretariat / 5% Koordination Mittelstufe. Aufgrund der bestehenden Weisungen und der gestiegenen Schülerzahlen reichen die Stellen-Prozente der Schulleitung schon länger nicht mehr aus. Neu wird die Schulleitung insgesamt 90% umfassen. Damit verbunden ist eine Neuorganisation des Sekretariates, das bisher aufgrund des Zusammenarbeitsvertrages mit Rehetobel teilweise von Rehetobel aus geführt wurde.
Die derzeitige Schulleiterin war bisher zu je 50% für die Gemeinden Rehetobel und Trogen tätig. Mit der Stellenaufstockung und der Reorganisation des Sekretariates kann die jetzige Schulleiterin Maria Etter nicht mehr für beide Gemeinden tätig sein. Sie hat sich deshalb dafür entschieden, das Pensum in Rehetobel aufzugeben und Schulleiterin im Teilpensum in Trogen zu bleiben. Gleichzeitig wird sie einen Teil der Sekretariatsaufgaben übernehmen.